Cikal bakal LRPI adalah lembaga-lembaga riset yang telah ada sejak zaman kolonial. Lembaga ini melakukan penelitian komoditas komersial yang diusahakan oleh perusahaan perkebunan, yaitu kelapa sawit, karet, kakao, kopi, teh, kina dan gula. Lembaga riset tertua adalah lembaga penelitian gula yang ada di Pasuruan, Jawa Timur yang berdiri pada tahun 1887, sehingga saat ini mencapai usia 126 tahun. Dengan nasionalisasi perusahaan perkebunan asing pada tahun 1957, pemerintah Indonesia mengambil alih pemilikan perusahaan perkebunan asing tersebut bersama lembaga-lembaga penelitian yang ada di dalamnya.